Решение о строительстве завода было принято коллегией Наркомата Водного Транспорта в 1931 г. на базе «Мастерских точных приборов и моделей «Водтрансприбор». Строительство началось во второй половине 1932 г., и в том же году директор строившегося завода Я.Л. Плам обратился к командованию ВМФ и руководству Наркомвода с предложением о передаче работ в области гидроакустики на этот завод. На первых этапах работы завод выпускал навигационные проблесковые маяки по заказу Гидрографического Управления ВМФ и осваивал гидроакустические станции, разработанные в Центральной радиолаборатории. Изготовленными предприятием маяками были оснащены Астраханский рейд, Беломоро-Балтийский канал, шлюзовая часть Днепровского бассейна.

В первые месяцы Великой Отечественной войны завод был эвакуирован в г. Омск, где продолжал выпускать гидроакустические станции, боеприпасы и другие изделия. Во второй половине 1944 г. он возвратился в Ленинград. После войны «Водтрансприбор» продолжал оставаться единственным предприятием в стране, которое вело разработки и снабжало гидроакустическими приборами корабли Военно-морского флота.

В 1946 г. было принято постановление о создании «Особого конструкторского бюро по гидроакустической аппаратуре при заводе №206 – ОКБ-206». Им была утверждена 10-летняя программа развития гидроакустических средств с существенно повышенными тактико-техническими характеристиками и определены основные направления деятельности ОКБ и завода, на которые возлагалось проведение разработок и серийное производство станций, приборов подводной связи и аппаратуры для гидроакустических измерений. В последующие десятилетия расширились научно-техническая и производственная базы, что позволило существенно увеличить объем выпускаемой продукции. В 1969 г. создано производственно-техническое объединение «Водтрансприбор», в которое вошли завод «Водтрансприбор», ОКБ-206 и только что построенный в г. Кировск Ленинградской области завод «Ладога». Ведущие специалисты завода принимали непосредственное участие в становлении практически всех предприятий гидроакустической отрасли страны.

В 1973 г. образовано научно-производственное объединение «Океанприбор», где завод «Водтрансприбор» стал выполнять головную роль по серийному производству новых гидроакустических средств.

В 2006 г. образовано АО «Концерн «Океанприбор», в которое вошел АО «ВОДТРАНСПРИБОР» и другие предприятия отраслевого профиля. АО «Концерн «Океанприбор» является головным разработчиком гидроакустической техники для российского флота. Совместно с АО «Концерн «Океанприбор», обеспечивается реализация НИР, ОКР в части разработки технологии изготовления опытных образцов, проведения предварительных испытаний.

За годы своего существования АО «ВОДТРАНСПРИБОР» был основным поставщиком новейшей гидроакустической техники для Военно-морского флота России. История его развития неразрывно связана с историей российского подводного флота. Выпускаемые заводом гидроакустические станции и комплексы, звукометрические приборы, гидроакустические измерители скорости звука и другие приборы установлены на всех подводных лодках и надводных кораблях ВМФ России и стран-партнеров.

На сегодняшний день АО «ВОДТРАНСПРИБОР» обладает всеми необходимыми специалистами и инженерно-техническим персоналом для производства современной техники. За последние годы проведена модернизация оборудования и обновлен станочный парк.

В рамках программ ремонта надводных кораблей и подводных лодок предприятие способно обеспечить средний ремонт изделий с продлением срока их службы.

Завод поставляет гидроакустические антенны комплексов последнего поколения: «Иртыш-Амфора-Борей» и «МГК-400В.2», «МГК400ЭМ» для ДЭПЛ проекта 636. Также одним из известных выпускаемых изделий являются гибкие протяженные буксируемые антенны – ГПБА.

АО «ВОДТРАНСПРИБОР» всегда открыто для творческого сотрудничества со всеми предприятиями, работающими для российского Военно-морского флота.